Tipp 128:
Nachweis kleiner RNAs mit Northern Blot
Bis vor kurzem war der
LJ-Autor der festen Überzeugung, dass Northern Blots längst ausgestorben sind. Aber weit gefehlt, Northern Blots sind aktueller denn je.
Schon zur Jahrtausenwende kam ich mir mit meinen Northern Blots, die ich für Expressionsstudien von Hefe-Stressgenen einsetzte, vor wie ein Relikt aus vergangenen Zeiten. Aber totgesagte leben länger und offensichtlich hat die RNA-Interferenz-Forschung dieser alten Methode neues Leben eingehaucht.
Diesen Schluss lässt zumindest das Paper von Gurman Pall und Andrew Hamilton von der Universität Glasgow zu, das diese im Juni letzten Jahres in
Nature Protocols veröffentlichten (
Nature Protocols, 3:6, 1077-1084). Der Titel ihrer Arbeit lautet schlicht: "Improved northern blot method for enhanced detection of small RNA."
Tatsächlich machen Northern Blots von kleinen nichtkodierenden RNAs, wie siRNAs und miRNAs, auch in Zeiten von Real-Time PCR, Mikroarrays und Tiefensequenzierung noch Sinn. So kann man auf ihnen zum Beispiel gleichzeitig die reifen etwa 20 Nukleotide langen -miRNAs, als auch deren circa 70 Nukleotide langen Vorläufer erkennen. Hinzu kommt, dass ein Northern Blot zwar etwas länger dauert und nicht zu den empfindlichsten Methoden zählt, dafür aber keine großen Kosten verursacht.