Tipp 62:
Freeze & Squeeze 01 - DNA aus Gelen quetschen

"Freeze and-", was soll das bitte sein? Bei einigen Lesern hat Michael Radkes Tipp (LJ 04/2004) für Verwirrung gesorgt. Daher schieben wir hier die Originalmethode "Freeze & Squeeze" nach. Andreas Maier hat sie für uns aufgeschrieben.

Dieser "quick and dirty"-Trick stammt ursprünglich von zwei Tübinger Wissenschaftlern. Andreas Maier vom Botanischen Institut Tübingen, ein gern gesehener Dauergast in unserer "Tipps & Tricks"-Rubrik, erklärt uns die genaue Herkunft und den methodischen Ablauf.

"Dieser Tipp könnte durchaus aus dem sparsamen Schottland zu uns vorgedrungen sein. Tatsächlich stammt die Idee jedoch aus Tübingen beziehungsweise Heidelberg und geht auf ein Paper aus dem Jahr 1983 zurück (Tautz & Renz, Anal. Biochem. 132(1), 14-19).


Welche verschlungenen Pfade die Methode danach genommen hat und welcher pfiffige Kopf sie weiter vereinfacht hat, wird allerdings wohl ein Rätsel bleiben. Über einen Abstecher ans MPI für terrestrische Mikrobiologie im schönen Marburg kam sie aber schließlich in unser Labor und wird seither häufig und mit bestechendem Erfolg angewandt. Übrigens: Auch in Cornel Mülhardts "Experimentator Molekularbiologie" wird sie beschrieben. Der Einspareffekt beruht auf dem Weglassen jeglicher teurer DNA-Aufreinigungs Kits. Und so gehts:

PCR-Fragmente (die zum Beispiel für Klonierungen vorgesehen sind) werden im Agarosegel elektrophoretisch aufgetrennt, gefärbt und die gewünschte Bande ausgeschnitten. Das Gelstück wird auf einen Streifen Parafilm gelegt und dieser einmal darüber zusammengefaltet. Dieses "Briefchen" wird sodann für circa 30 min bei minus 20 °C tiefgefroren. Das gefrorene Gelstück wird danach (im Parafilm) unter leichtem Druck zwischen Daumen und Zeigefinger aufgetaut und der, die DNA enthaltende, Flüssigkeitstropfen in einem Eppendorf-Reaktionsgefäss aufgefangen.

Die Methode funktioniert auch mit allen möglichen andereren Formen von Nukleinsäuren, beispielsweise ganzen Plasmiden oder Restriktionsfragmenten.

Nach dieser schnellen Reinigung klebt zwar wahrscheinlich noch Ethidiumbromid an der DNA, negative Auswirkungen durch den Farbstoff konnten wir bisher jedoch keine feststellen."



P.S.: Im letzten Laborjournal 04/2004 fanden Sie auf Seite 74 bereits eine erweiterte "Freeze & Squeeze 2.0"-Methode, die in der Handhabung etwas weniger Sauerei zu verursachen scheint. Falls jemand die beiden Varianten direkt gegeneinander testen will: Die Redaktion (wk@laborjournal.de) ist an ihren Erfahrungen sehr interessiert.



Letzte Änderungen: 08.09.2004