Tipp 130:
Software zur Auswertung von 1D-Gelen

Nach dem Ende der Elektrophorese packt man 1D-Gele zum „Photoshooting“ meist in eine Kiste mit digitaler Kamera und wertet die fotografierten Banden mit einer 1D-Gelanalyse-Software aus. Franka Kahlenberg hat drei Programme auf ihre Praxis­tauglichkeit getestet:

Eines Tages hatte ich von dem nervigen Ausmessen meiner DNA-Gele genug und machte mich im Internet auf die Suche nach Softwareprogrammen für die Auswertung von 1D-Gelelektrophoresen. Dabei stieß ich auf verschiedene Programme, die zunächst interessant schienen. Dazu gehörten GelPro von Media Cybernetics (USA), TotalLab TL120 von der Firma Nonlinear Dynamics (England) und Lab­Image 1D L340 von Kapelan Bio-Imaging (Deutschland). Um zu sehen, was diese Programme taugen, habe ich einige meiner alten Gele herausgekramt und erneut mit diesen Programmen ausgewertet beziehungsweise meine bereits erzielten Ergebnisse überprüft.

Das Programm GelPro fiel sofort aus der engeren Wahl, weil die Bedienung an Windows 95-Zeiten erinnerte. Die 1D-Elektrophorese ist eine alte Technik, das heißt aber nicht, dass auch die Auswerte­software dazu aus dem vorigen Jahrhundert stammen muss. Übrig blieben TotalLab und LabImage 1D. Ein Kriterium für deren Beurteilung war die (einfache)Bedienbarkeit bei den täglichen Routinearbeiten. Hier schnitten beide Programme gut ab. Nach einer kurzen Einarbeitungzeit kam ich mit beiden Programmen problemlos zurecht, LabImage 1D hat jedoch eine modernere Benutzer-Oberfläche als TotalLab.

Bei der Auswertung haben wir uns auf DNA- und Protein-Gele konzentriert. Dazu werteten wir mit beiden Programmen zunächst insgesamt 61 verschiedene DNA-Proben auf Agarosegelen mit insgesamt 114 enthaltenen Banden erneut aus. Bei 104 der 114 analysierten Banden erhielten wir die bereits in den vorangegangenen Auswertungen gefundene Größe des jeweiligen DNA-Fragmentes.



Aufgrund der einfachen und schnellen Handhabung haben wir 57 weitere DNA-Proben nur mit der LabImage 1D Software analysiert und mit den zuvor erzielten Ergebnissen verglichen. Dieses Ergebnis hat uns endgültig überzeugt. Nur bei einer einzigen Bande wichen die mit LabImage 1D ermittelten Ergebnisse mehr als 15 Prozent von unserem Referenzwert ab. Neben Agarosegelen (DNA) haben wir auch SDS-PAGE Gele (Proteine) mit den beiden Programmen analysiert und mit alten Ergebnissen verglichen. Von 69 untersuchten Proben erhielten wir bei 62 mit TotalLab dieselben Ergebnisse, die wir bereits mit anderen Auswertungsmethoden erhalten hatten. Noch besser war LabImage 1D. Hier waren die Ergebnisse bei allen 69 Proben identisch mit denen früherer Auswertungen.

Fazit: LabImage 1D ist im Vergleich zu TotalLab einfacher zu bedienen und liefert präzisere Ergebnisse. Darüber hinaus ist das Programm selbsterklärend und der ablauforientierte Aufbau führt den Anwender schneller zum Ziel. LabImage 1D ist zudem auch in einer deutschen Version verfügbar und auch der Support spricht deutsch. Das hat durchaus Vorteile und kann die Lösung von Problemen, falls diese­ auftauchen, erheblich vereinfachen.

Franka Kahlenberg
(Institut für Klinische Immunologieund Transfusionsmedizin,
Universitätsklinikum Leipzig)



Letzte Änderungen: 04.05.2009